Work

Am Zukunftstag hatte ich eine interessierte Besucherin hier im Labor. Nachdem sie mir geholfen hat, für die anderen Zukunftstag-Besucherinnen hier am Institut für Anatomie der Uni Bern Tomographieaufnahmen von drei Kinder-Überraschungseiern zu machen, konnten wir uns Ihrem Projekt widmen.

Sie hat eine munzig kleine Spinne aus dem Feuerholzstapel zuhause mitgenommen (der Hinterkörper der Spinne ist 1.7 mm dick).

Diese haben wir in etwas Schaumstoff eingebettet und dann auf unserer Bruker SkyScan 2214 aufgenommen, mit einer Pixelgrösse von 3 Mikrometer. Daraus haben wir dann die Tomographiedaten angeschaut und in ImageJ an den Schnittbildern ein paar Dinge daran gemessen (deshalb wissen wir, das der Hinterkörper 1.7 mm dick ist). In Dragonfly haben wir dann die Tomgraphiedaten in 3D angeschaut und eine kurze Animation davon gemacht. Ebenfalls in Dragonfly haben wir die Spinne digital aus dem Schaumstoff rausopieriert (und dabei versucht, einen Teil des Schaumstoffs zu entfernen) und als 3D-Modell exportiert. Dieses 3D-Modell wollten wir dann auf unserem [Formlabs(https://formlabs.com/)]-Drucker ausdrucken, der wollte aber grad nicht so wie wir wollten. Nachdem wir im Labor hier das Druckerproblem beheben konnten, kam die Spinne 25-fach vergrössert aus dem Drucker raus.

Seit ca. einem Jahr mache ich jede Woche ein Foto in den Innehof bei uns. Mit etwas Python-Code ¹ habe ich davon zwei Ansichten gemacht. Einmal verläuft das Jahr Stückchenweise vertikal, und einmal horizontal.

Isch no hübsch cho, finde ich…

Wie vorhin erwähnt, ist dask schampar gäbig um auf ganz viele Bilder zuzugreifen. Hier - bei 44 Bildern - ist die Verwendung von dask ein totaler Overkill, aber so konnte ich schon geschriebene Code-Zeilen wiederverwenden.

In den letzten Wochen hab’ ich’s immer wieder angetönt, ich hatte viel mit Zebrafischen zu tun. Beim Schaffen hatten wir ein grosses Projekt, bei dem ich die Auswertung von Tomographiedaten (und anderem) übernommen habe, damit wir schlussendlich sicher sagen konnten, dass die Kiemen von Zebrafischen wachsen, wenn die kleinen Fische feste trainieren.

Aber alles der Reihe nach: Wie ihr wisst, arbeite ich seit einiger Zeit am Institut für Anatomie mit zwei MicroCT-Geräten und mache biomedizinische Forschung. Zebrafische sind nicht nur härzige Aquariumbewohner, sondern auch ein prima Modellorganismus in der Biologie. Dies, weil sie unter anderem im Anfangsstadium ihres Lebens durchsichtig sind, also sehr gut geeignet sind um das Organwachstum zum Beispiel unter dem Mikroskop zu untersuchen. Im Projekt, bei dem ich mitgearbeitet habe ging es auch um das Organwachstum, aber nicht darum, dass das Organ durchsichtig ist. Wir wollten nämlich prüfen, ob die Kiemen der Zebrafische wachsen, wenn sie ausgiebig trainiert werden.

Seit Juni arbeite ich nicht mehr am PSI, sondern wieder an der Uni Bern, speziellerweise im selben Haus, in dem ich die Doktorarbeit geschrieben habe. Ich beschäftige mich immer noch mit hochauflösender Röntgen-Tomographie, einfach nicht mehr mit einer Synchroton-Röntgenquelle und einem krassen Aufbau auf einem Labortisch , sondern arbeite an zwei kommerziell erhältlichen Tisch-MikroCT-Geräten . Da kommt es z.B. mal vor, dass ein kleiner Fisch genauer angeschaut wird…

also, ich verabschiede mich mal, ich bin bis zum 25. mai in den usa, präsentiere am ATS-meeting meine arbeit der letzten monate und schaue, dass ich keine influenza a(h1n1) nach hause bringe.

häbets guet und bis gli. falls online-mässig etwas geht, dann wohl am ehesten bei der open-source-variante von twitter, hier .